Em 2004, com a transferência da sede da Faculdade de Farmácia do centro da cidade para o Campus Pampulha, alguns professores tiveram a iniciativa de coletar objetos e documentos que seriam descartados para, no futuro, serem expostos em um local adequado para apreciação de interessados, e utilizados para preservação e divulgação da memória da Faculdade de Farmácia da UFMG. Em 2007, teve início o projeto de inventário e organização do acervo visando à sua utilização como objetos de um Centro de Memória.
A oportunidade de realizar o projeto foi concretizada em 2011, ano da comemoração do centenário da Faculdade de Farmácia, quando o CEMEFAR foi inaugurado, após destinação de muitos dos objetos coletados à sala de exposição de longa duração. Além de objetos provenientes da antiga sede da Faculdade, o acervo também conta, atualmente, com objetos de acervos pessoais, doados principalmente por professores e ex-alunos.